Das Studienzentrum bietet regelmäßig internationale Studien- und Fortbildungskurse in Rom für Theologiestudierende, Pfarrer/innen, und Religionslehrer/innen in deutscher und englischer Sprache an.
Die Kurse haben unterschiedliche theologische Schwerpunkte und sind auf „römische Themen“ ausgerichtet. Auf Rom bezogen sind Kirchengeschichte und Ökumene im Fokus des Kursangebotes des Melanchthon Zentrums. Spezifische Interessen des jeweiligen Adressatenkreises bilden den Hintergrund, auf dem das Programm der Pfarrer/innen-, Lehrer/innen- und Studierenden-Kurse erarbeitet wird. Dabei arbeitet das Melanchthon Zentrum oft mit anderen Institutionen zusammen.
Die Kurse haben in der Regel eine dreigliedrige Struktur. Sie bestehen aus Vorträgen, bzw. einem Seminarprogramm mit Referaten im Fall der Studierendenkurse, Besichtigungen von Baudenkmälern, wobei die christlichen Bauten im Vordergrund stehen, und Gesprächsterminen. Dazu kommen Ausflüge in die Umgebung Roms.